学校注重科学研究，取得了显著成效。2001年以来，学校承担各类科研项目1852项，其中国家科技支撑项目5项，“863”项目2项，国家自然科学基金项目100项，国家社会科学基金项目143项，省部级项目439项。科研成果获得国家级奖励2项，省部级奖励411项。
学校研发《藏汉双语信息处理系统》获1999年国家科技进步二等奖，《藏文视窗平台、字处理软件和藏文网站》获2001年国家科技进步二等奖，受到了江泽民、胡锦涛等党和国家领导人的高度评价。学校编辑出版的《法藏敦煌藏文文献》和《英藏敦煌藏文文献》出版计划，实现了我国珍贵历史文献的回归与面世，在学术界引起强烈反响，被誉为敦煌学与藏学研究的又一个里程碑。
学校利用我国广大牧区家畜资源，开发生产的“动物血清系列产品”，获得甘肃省科技进步奖等多项奖励，销售份额占国内血清市场40%以上。研发的“外墙保温及围护用断热节能复合砌块与工艺设备成套技术”荣获甘肃省科技进步一等奖等多个奖励，形成的严寒寒冷地区建筑节能与结构一体化新型保温体系有效地解决了建筑保温材料耐久性问题和防火安全问题。以上等研成果实现成功转化，有效促进了相关地区的经济发展，取得了良好的经济效益、社会效益和环境效益。
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